V roce 2003/2004 působil tým FK Tatran Prachatice ve 2.lize. Kvůli opuštění hlavního sponzora neměl tým finance,aby se udržel v této lize a propadl se až do Přeboru Jihočeského kraje. V nejbližší době ale Prachatice omlazují tým a pomýšlí na to,že by chtěli zopakovat úspěch,jako se jim povedlo v nejúspěšnější sezóně klubu.